自离三天可能引发以下法律风险，需您重点关注：
1. 用人单位主张经济损失赔偿风险：例如，某员工自离三天导致项目停滞，单位需临时聘请外包人员完成工作，产生额外费用，单位可依据《劳动合同法》第九十条要求员工赔偿该损失。
2. 无法主张经济补偿或工资的风险：若员工自离后未证明单位存在违法情形（如未缴社保），直接以“自离”为由离职，可能无法主张解除劳动合同的经济补偿；若单位以“自离旷工”为由拒发工资，员工需举证已提供劳动的事实，否则可能无法追回工资。
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对于“自离三天不会自动解除劳动合同”的结论，我们可以从《劳动合同法》的具体条款中找到法律依据。
根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条第二项规定：“劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：（二）严重违反用人单位的规章制度的。”同时，该法第四十三条要求：“用人单位单方解除劳动合同，应当事先将理由通知工会。”

自离三天本身不直接导致合同解除，若用人单位以“严重违纪”解除，需满足三个条件：一是规章制度明确“自离三天”属严重违纪；二是规章制度经民主程序制定并公示；三是解除前通知工会且向劳动者送达书面解除通知。若缺失任一条件，解除行为违法。此外，《劳动合同法》中无“自动解除”的规定，因此自离三天不能自动终止劳动合同。
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自离三天后处理劳动合同关系时，需避免以下常见错误操作：
1. 忽视沟通直接失联：自离后长期不与单位联系，可能被单位以“严重违反规章制度”为由合法解除，且无法主张未发工资或经济补偿。
2. 拒绝工作交接：即使自离，也需完成工作交接，否则单位可能要求赔偿因工作交接不当造成的损失，如未移交客户资料导致业务流失。
3. 轻信“自动解除”说法：误以为自离三天合同自动解除，未办理离职手续，导致社保、公积金无法正常转移，影响后续就业。

若您已出现上述错误操作，建议尽快联系律师评估风险，避免权益进一步受损。
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自离三天后处理劳动合同关系时，存在以下特殊情况会影响处理结果：
1. 用人单位存在法定违法情形：若单位未及时足额支付工资、未依法缴纳社保，员工自离三天属于“被迫解除劳动合同”，无需提前通知，还可主张经济补偿。例如，单位连续两个月拖欠工资，员工自离后可申请劳动仲裁要求支付工资及经济补偿。
2. 劳动合同约定特殊离职条款：若劳动合同中明确约定“自离超过3天视为自动解除”，但该条款需满足规章制度民主程序和公示要求，否则约定无效。若条款合法，单位可据此解除合同，但仍需书面通知员工。
3. 员工因紧急情况自离：如员工突发疾病需立即就医未及时通知单位，事后提供医院证明，单位不能直接以“自离”为由解除合同，需结合实际情况判断是否属于“不可抗力”或“合理理由”。

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